Francisco Pizarro a földre rogyott. „Jézus!” – kiáltotta, majd ujjával egy keresztet rajzolt a vérével áztatott padlóra. Lehajtotta a fejét, hogy megcsókolja, ám ekkor egy utolsó kardcsapás véget vetett életének. Gyilkosai az utcára rohantak, és véres kardjukat a magasba emelve, ujjongva jelentették be: „Meghalt a zsarnok! A törvény helyreállt.” 1541. június 26-án egy 18-20 főből álló összeesküvő csoport limai palotájában végzett a hírhedt konkvisztádorral. A fiatalon disznópásztorként tevékenykedő Francisco Pizarro 1530-ben V. Károly német-római császár, spanyol király engedélyével indította meg hadjáratát az inkák földjének meghódítására.
A serege mindössze 180 fős volt, néhány ágyúval és lovakkal. Az inka határt elhagyva felépítették San Miquel (Amotape) erődjét, s 1532. szeptember 24-én innen indult el a kis hadsereg az Inka Birodalom meghódítására. Pizarro november 15-én ért Cajamarcába, amelynek környékén táborozott Atahualpa inka uralkodó. A spanyolok megszállták a várost, majd november 16-án a meghívásukra Atahualpa meglátogatta Pizarrót, aki elfogatta az inkát, az őt kísérő mintegy 3 ezer indián többségét pedig legyilkoltatta. Atahualpa foglyul ejtésével végzetes csapást mértek az egész Inka Birodalomra.
A néhány száz spanyol hódító sikeres hadjáratában nemcsak a technikai fölény (az ágyúk és a lovasság) és a pszichológiai előny játszott szerepet, hanem főként rituális okok: a spanyolok betörése és otromba lépései teljesen megzavarták a bonyolult rítusok szerint élő inkákat, akik el sem tudták képzelni, hogy bárki is kezet merjen emelni uralkodójukra, a Nap fiára.
Atahualpát végül kivégezték, annak ellenére, hogy ígéretéhez híven egy szobányi (88 köbméter) aranyat, és két szobányi ezüstöt adott át váltságdíj gyanánt a spanyoloknak. A hódítók ezután harc nélkül foglalták el a fővárost, Cuzcót. Pizarro az V. Károllyal kötött toledói szerződés értelmében Peru kormányzója lett. Régi társa, Diego de Almagro azonban nemsokára fellázadt teljhatalma ellen, mire válaszul Pizarro 1538-ban megölette.
Almagro hívei bosszút esküdtek. Úgy tervezték, a miséről hazajövet ütnek rajta a kormányzón. Pizarro megtudta, hogy merényletet terveznek ellene, és bár nem aggódott túlságosan, a biztonság kedvéért aznap kihagyta a misét. Amikor az összeesküvők értesültek róla, hogy a kormányzó tud a szándékukról, és otthon marad, már nem volt értelme visszakozni. Módosítottak a terven, és megindultak Pizarro palotája felé.
Az almagristák szinte akadálytalanul törtek be az épületbe. Az idős Pizarro minden erejét összeszedte, és három merénylővel is végzett, mielőtt egy torkára mért döfés leterítette. Az összeesküvők ifjabb Diego de Almagrót kiáltották ki Peru új kormányzójának, 1542-ben azonban őt is elérte végzete: az elveszített chupasi csata után ellenségei kivégezték.