Rudolf Hess halála alighanem a 20. századi történelem egyik legnagyobb rejtélye. A hivatalos verzió szerint Hitler évtizedek óta a berlin-spandaui börtönben raboskodó helyettesét 1987. augusztus 17-én csak néhány percre hagyták magára, de ez elég volt ahhoz, hogy a 93 éves aggastyán egy elektromos kábel segítségével önkezével vessen véget életének. Bár a boncolás során megállapították, hogy Hess valóban öngyilkos lett, sokan a briteket sejtik a náci vezető halála mögött.
A nürnbergi perben életfogytiglani szabadságvesztésre ítélt Hess 1947-től raboskodott a berlin-spandaui börtönben. Miután a másik hat, szintén a nürnbergi perben elítélt rabtársát időközben szabadon engedték, 1966-tól haláláig Hitler helyettese maradt az évi több százmillió dollárból fenntartott börtön egyetlen foglya.
A britek sokak szerint igyekeztek mindenáron megakadályozni Hess kiszabadulását. Az elmélet hívei állítják, a halálához hasonlóan rejtélyes 1941. májusi nagy-britanniai útja után elfogott, és négy évig őrizetben tartott Hess a britekre nézve kompromittáló információkkal állhatott volna a nyilvánosság elé. A gyanút erősíti, hogy az idős náci vezető éppen akkor lett öngyilkos, amikor a szabadon bocsátásától sokáig ódzkodó szovjetek is hajlandók lettek volna kegyelemben részesíteni. Az öngyilkosság-verziót elutasítók szerint Hess leromlott egészségi állapota miatt eleve nem lett volna képes megölni magát, búcsúlevelét pedig valójában 1969-ben írta.
Egy nemrég nyilvánosságra hozott, a Scotland Yard 1989-es nyomozása során keletkezett dokumentum szerint a korábban a spandaui börtönben orvosként tevékenykedő Hugh Thomas két brit titkosügynököt nevezett meg a merénylet elkövetőiként, ám az ügyészség megszüntette az ügyben a nyomozást.
Bármi is legyen az igazság halálával kapcsolatban, tény, hogy Hess bajorországi Wunsiedelben található sírja náci zarándokhellyé vált, ezért holttestét 2011-ben exhumálták, elhamvasztották, a maradványokat pedig a tengerbe szórták.